(一)役男因勤務及工作表現優良，符合「替代役役男獎懲辦法」第五條至第七條者，服勤處所得由管理人員簽請主管核予三日以下之榮譽假或核發獎金以為鼓勵，或報請服勤單位（另）核予嘉獎或記功獎勵。
(二)役男勤務執行不力，工作懈怠或言行失檢，符合「替代役役男獎懲辦法」第十條與第十一條者，服勤處所得由管理人員簽請主管核予罰勤、禁足，或報請服勤單位實施罰勤或核予申誡、記過處分。
(三)服勤單位得依「替代役役男獎懲辦法」及「教育部替代役教育服務役役男服勤管理要點」第三十六點與第三十七點之規定，核定所屬服勤處所役男獎懲。
(四)役男服役期間，功過相抵後累計三大功者，或符合「替代役役男獎懲辦法」第七條之規定頒授獎狀者，得由服勤單位或處所核發獎狀，特殊貢獻者得由服勤單位報請本部核發部長獎狀。
(五)獎懲單位對役男為記功、獎金、獎狀或記過之獎懲時，應組成公正之委員會審議；委員以三人至五人為原則，亦得併同單位人評或考績相關委員會辦理。懲處前應給予當事人書面或到場陳述意見之機會，審議懲處之會議紀錄應於會議結束後十日內送本部備查。
(六)嘉獎、記功、申誡、記過等獎懲，均須有正式人事命令（核定書），記過懲處人事命令應備有事由，並附記不服懲處決定之救濟方法、期限及受理機關。為求慎重及避免浮濫，獎懲應由服勤處所向服勤單位提出，再由服勤單位行文發布分送役男及服勤處所，並於每月十日前將「教育服務役役男獎懲人次統計表」彙報本部。
(七)直轄市、縣（市）政府教育局等服勤單位，可協調請求直轄市、縣(市)學生校外生活輔導委員會協助辦理役男獎懲作業。
(一)申訴範圍：役男對記過、罰薪或輔導教育之懲處不服案件。
(二)申訴管轄機關：原懲處機關之上級機關（服勤處所之上級機關為服勤單位，服勤單位之上級機關為本部）。
(三)申訴時限：役男應於正式懲處人事命令送達之次日起三十日內，以書面或言詞向申訴管轄機關提出申訴。
(四)作業流程
1.役男申訴以書面提出者，應依申訴書格式，載明相關事項，由申訴人簽名或蓋章；其以言詞為之者，受理申訴機關應依申訴書格式做成記錄，經向申訴人朗讀或使閱覽，確認記錄內容無誤後，由申訴人簽名或蓋章。
2.役男提出書面或口頭申訴後，受理機關應指派專人訪視申訴人，瞭解案情。
3.對申訴案件之答覆，應自收受申訴書之日起三十日內以書面為之；必要時得延長十日，並通知申訴人。
4.受理申訴機關對不予受理之申訴案件，須向申訴人說明不予受理之理由。
5.申訴案件於結案後，相關資料應予歸檔備查。
(五)申訴案件有下列情形之一者，得不予受理：
1.未具真實姓名及服勤單位（處所）。
2.申訴提出逾申訴時限。
3.原懲處已不存在。
4.同一申訴事由經答覆後，再提出申訴。
5.非屬申訴救濟範圍內之事項。
(六)其他
1.役男申訴案件，除有明顯故意誣陷他人之行為外，其申訴權益應予以維護。
2.申訴案件處理過程中，應對申訴人及證人身分保密，並得視需要約詢申訴人或證人補充說明案情。
3.調查案件結束後，得視需要依「教育部替代役教育服務役役男服勤管理要點」之規定，報請本部調整役男服勤處所。
